Se trata de una chica, Lain, una niña poco sociable, que no salía mucho, pero cuya vida cambió totalmente luego del suicidio de su compañera de clase, Chisa, la cual estaba cansada de vivir en este mundo. Lain, luego del impacto que recibió al llegar a su escuela y enterarse del suicidio, al llegar a su casa recibe un e-mail de Chisa, en el cual le dice que está en la red con Dios. Luego de esto, Lain se siente vinculada a la Wired, y comienza a salir a Cyberia, un local donde los jóvenes van a divertirse y pasar el rato. Ella empieza a jugar un juego llamado PHANTOM, el cual se descarga para luchar contra otros en la Wired. También, se involucra con el Accela, una droga tecnológica que acelera tu metabolismo, sin contar las apariciones de Chisa. Tambien está su familia, su hermana y sus padres, su padre se muestra muy cariñoso con Lain, y al trabajar en una empresa de computadores llamada NAVI, le regala una super computadora a Lain. Su hermana y su madre, al contrario, no se comunican mucho con Lain, y ella, sufre de estos numerosos cambios en su vida, en silencio.